เมื่อกลางปี พ.ศ. 2547 มีการรวมตัวของ กลุ่มประชาชนเพื่อชาติและราชบัลลังก์ โดยมีแกนนำประกอบด้วย นาวาอากาศตรีประสงค์ สุ่นศิริ นายเอกยุทธ อัญชันบุตร นายประชัย เลี่ยวไพรัตน์ อัมรินทร์ คอมันตร์ พลโท เจริญศักดิ์ เที่ยงธรรม นายสมาน ศรีงาม นายประพันธ์ คูณมี นายเพียร ยงหนู ได้มีการชุมนุมปราศรัยที่ท้องสนามหลวง เมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2547[29] และมีการจัดรายการวิทยุ ทางคลื่นวิทยุชุมชน FM 92.25 MHz ของนายประชัย และเว็บไซต์ไทยอินไซเดอร์ของนายเอกยุทธ

การวิพากษ์วิจารณ์ผลงาน และการทุจริตในรัฐบาล พ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตร เริ่มขยายสู่วงกว้างขึ้น ตั้งแต่กลางปี พ.ศ. 2548 เมื่อรายการเมืองไทยรายสัปดาห์ ออกอากาศทางโมเดิร์นไนน์ทีวี โดยนายสนธิ ลิ้มทองกุล เริ่มวิพากษ์วิจารณ์รัฐบาล ทั้งที่ก่อนหน้านี้เคยเสนอความเห็นในเชิงสนับสนุนรัฐบาลมาตลอด จุดเปลี่ยนของรายการเมืองไทยรายสัปดาห์ อยู่ที่การออกอากาศในคืนวันที่ 9 กันยายน พ.ศ. 2548 เมื่อนายสนธิได้อ่านบทความเรื่อง ลูกแกะหลงทาง[ต้องการอ้างอิง] บทความซึ่งมีผู้โพสต์เข้าไปเข้าไปในเว็บไซต์ผู้จัดการ ออกอากาศทางโทรทัศน์ ส่งผลให้รายการเมืองไทยรายสัปดาห์ ถูกถอดออกจากผังรายการอย่างกะทันหัน โดยนายธงทอง จันทรางศุ บอร์ด อสมท. ให้เหตุผลว่าเป็นการจาบจ้วงสถาบัน [30]

โดยการกระทำเช่นนี้ ถูกมองว่าอาจเป็นการคุกคามสื่อ และเป็นการแอบอ้างสถาบันพระมหากษัตริย์เป็นเครื่องมือในการปลดรายการว่าจาบจ้วงสถาบันฯ แม้ว่าผู้จัดรายการจะยืนยันว่าเนื้อความดังกล่าวเป็นการยกย่องสถาบันพระมหากษัตริย์ และพูดถึงบางคนที่ไม่ฟังคำเตือนที่ปรารถนาดีของกษัตริย์ว่าเป็นลูกแกะหลงทางเท่านั้น โดยมิได้ระบุถึงบุคคลใดบุคคลหนึ่งโดยเฉพาะ การปลดรายการดังกล่าวจึงเป็นการกระทำที่ไม่เป็นธรรม

รายการเมืองไทยรายสัปดาห์ จึงปรับรูปแบบเป็นรายการเมืองไทยรายสัปดาห์สัญจร จัดขึ้นนอกสถานที่ ทุกเย็นวันศุกร์ ที่หอประชุมศรีบูรพา มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ โดยมีการถ่ายทอดทางโทรทัศน์ผ่านดาวเทียมเอเอสทีวี และสื่ออื่น ๆ ในเครือผู้จัดการ ต่อมาเมื่อมีผู้ชมรายการมากขึ้นจึงขยับขยายมาจัดที่หอประชุมใหญ่ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และย้ายไปจัดที่อาคารลีลาศ สวนลุมพินี

หลังรายการเมืองไทยรายสัปดาห์สัญจรครั้งที่ 14 ในคืนวันศุกร์ที่ 13 มกราคม 2549 มีการเปิดตัวผู้สนับสนุนคือ พลตำรวจเอกประทิน สันติประภพ นาวาอากาศตรีประสงค์ สุ่นศิริ รวมไปถึงสมาชิกวุฒิสภาและสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรฝ่ายค้านหลายคน มีการเดินเท้าเคลื่อนย้ายผู้ชุมนุมจากสวนลุมพินีมาที่ทำเนียบรัฐบาล โดยไม่มีการปิดล้อม ก่อนสลายตัวกลับ แต่ยังมีผู้ชุมนุมบางส่วนยังชุมนุมต่อและถูกใช้กำลังสลายตัวในเช้าวันรุ่งขึ้น[31] เหตุการณ์นี้เป็นเหตุให้รัฐบาลเริ่มเพ่งเล็งและมีมาตรการเด็ดขาดขึ้น

การชุมนุมครั้งใหญ่เกิดขึ้นเมื่อวันเสาร์ที่ 4 กุมภาพันธ์ 2549 นัดชุมนุมที่สนามหลวง แต่สนามหลวงถูกจองใช้ จึงย้ายมาจัดที่บริเวณลานพระบรมรูปทรงม้า ถนนราชดำเนินนอก จากด้านหน้าพระที่นั่งอนันตสมาคมถึงสี่แยกสวนมิสกวัน การชุมนุมครั้งนี้เป็นครั้งแรกที่มีการชุมนุมยืดเยื้อข้ามคืน มีการถวายฎีกาแด่องค์พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ผ่านทางพลเอกเปรม ติณสูลานนท์ และสำนักราชเลขาธิการ โดยมี พล.ร.ท. พะจุณณ์ ตามประทีป เป็นตัวแทนรับ และยื่นหนังสือเรียกร้องให้ทหารแสดงจุดยืนต่อ พล.อ. สนธิ บุญยรัตกลิน ผู้บัญชาการทองทัพบก ในครั้งนี้มีการเปิดตัวกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย เป็นแกนนำในการชุมนุมครั้งต่อ ๆ ไป นอกจากนี้การชุมนุมครั้งนี้ยังเป็นครั้งแรกที่ใช้ชื่อว่า "การชุมนุมกู้ชาติ" การชุมนุมครั้งนี้มีผู้มาชุมนุมมากกว่าทุกครั้งเนื่องจากความไม่พอใจในข่าวการขายหุ้นทั้งหมดในบริษัท ชิน คอร์ปอเรชั่น จำกัด (มหาชน) ของครอบครัวนายกรัฐมนตรีให้กับเทมาเส็ก โฮลดิ้งส์ กองทุนเพื่อการลงทุนของรัฐบาลสิงคโปร์โดยไม่ต้องเสียภาษีเนื่องจากเป็นการซื้อขายหุ้นผ่านตลาดหลักทรัพย์ ซึ่งกฎหมายได้ระบุไว้ว่าให้ยกเว้นภาษี[32]

การชุมนุมครั้งถัดมาจัดที่ลานพระบรมรูปทรงม้า เมื่อวันเสาร์ที่ 11 กุมภาพันธ์ 2549 ใช้ชื่อว่า "ปิดบัญชีทักษิณ" มีผู้ร่วมชุมนุมหลากหลายขึ้นเนื่องจากเปลี่ยนผู้นำการชุมนุม พร้อมได้เปิดตัว พันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย เป็นครั้งแรก โดยมีแกนนำทั้งหมด 5 คน คือ พล.ต.จำลอง ศรีเมือง นายสนธิ ลิ้มทองกุล นายพิภพ ธงไชย นายสมศักดิ์ โกศัยสุข และนายสมเกียรติ พงษ์ไพบูลย์ ในครั้งนี้รัฐบาลได้พยายามขัดขวางโดยให้เหตุผลว่ามีความไม่เหมาะสมและไม่สมควร เพราะสถานที่ที่นี้เป็นเขตพระราชฐาน จึงมีการนัดชุมนุมใหญ่ครั้งต่อไปที่สนามหลวงในวันอาทิตย์ที่ 26 กุมภาพันธ์ 2549 โดยจะเป็นการชุมนุมยืดเยื้อไม่มีกำหนด จนกว่านายกรัฐมนตรีจะลาออกจากตำแหน่ง

การชุมนุมที่สนามหลวงวันอาทิตย์ที่ 26 กุมภาพันธ์ 2549 ได้รับการสนับสนุนจากพล.ต. จำลอง ศรีเมือง ว่าจะนำเครือข่ายกองทัพธรรมและสันติอโศกเข้าร่วมชุมนุม ทางกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยจึงเชิญพลตรีจำลองร่วมเป็นหนึ่งในแกนนำด้วย การประกาศตัวของพลตรีจำลองเป็นสัญญาณว่าการชุมนุมนี้จะยืดเยื้อยาวนาน และสร้างความกังวลให้กับพันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร[33] จนประกาศยุบสภาในวันศุกร์ที่ 24 กุมภาพันธ์ 2549 และได้มีการกำหนดเลือกตั้งในวันอาทิตย์ที่ 2 เมษายน 2549

มีการชุมนุมยืดเยื้อที่สนามหลวงใช้ชื่อว่า "เอาประเทศไทยของเราคืนมา" สลับกับการเคลื่อนขบวนใหญ่เพื่อกดดันสองครั้ง ในคืนวันอังคารที่ 28 กุมภาพันธ์ 2549 จากสนามหลวงมาที่อนุสาวรีย์ประชาธิปไตย

และในวันอังคารที่ 14 มีนาคม 2549 จากสนามหลวงมาที่ทำเนียบรัฐบาลระหว่างมีการประชุมคณะรัฐมนตรี และย้ายการชุมนุมมาปักหลักบริเวณสี่แยกสะพานมัฆวานรังสรรค์สลับกับสี่แยกสวนมิสกวันและถนนพิษณุโลกช่วงข้างทำเนียบรัฐบาล ประมาณจำนวนผู้เข้าร่วมชุมนุมในครั้งนี้ฝ่ายรัฐบาลประเมินว่ามีผู้เข้าร่วมประมาณสองหมื่นคน ขณะที่ฝ่ายแกนนำผู้ชุมนุมได้ประเมินว่ามีผู้ร่วมชุมนุมราวหนึ่งแสนคน[34]

มีการเคลื่อนขบวนย่อยไปชุมนุมที่สถานที่ต่าง ๆ เช่น สำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง ศาลรัฐธรรมนูญ ศาลปกครอง สถานทูตสิงคโปร์ ถนนสีลม การชุมนุมครั้งสำคัญสืบเนื่องจาก การเคลื่อนขบวนจากสนามกีฬาแห่งชาติ มาบริเวณสยามสแควร์และถนนสุขุมวิท ในวันอาทิตย์ที่ 26 มีนาคม 2549 จากนั้นแกนนำได้คิดที่จะจัดการชุมนุมใหญ่ ณ บริเวณหน้าศูนย์การค้าสยามพารากอน ในวันพุธที่ 29 มีนาคม 2549 การชุมนุมครั้งนี้ นับเป็นครั้งแรกของการชุมนุมทางการเมืองศูนย์ธุรกิจหลักประเทศ เพื่อต้องการล้มล้างรัฐบาลในขณะนั้น และเป็นการชุมนุมที่สร้างความเสียหายแก่ผู้ประกอบการ สยามพารากอน สยามเซ็นเตอร์ และสยามดิสคัฟเวอรี่เซ็นเตอร์ เป็นอย่างมาก เนื่องจากจำเป็นต้องปิดทำการระหว่าง 29-30 มีนาคมพ.ศ. 2549เพราะรัฐบาลให้เสรีภาพในการชุมนุมอย่างเสรีและไม่มีการปะทะกันใดๆ ทั้งสิ้น[35]

หลังจากได้ผ่านพ้นการเลือกตั้งเมื่อวันที่ 2 เมษายน 2549 แล้ว กลุ่มผู้ที่ไม่ยอมรับในผลการลงคะแนนเสียงตามระบอบประชาธิปไตยและพยายามผลักดันให้ยกเลิกการเลือกตั้งครั้งนั้น ได้มีการร้องต่อศาลยุติธรรม ซึ่งต่อมาได้มีการตัดสินให้การเลือกตั้งวันที่ 2 เมษายนเป็นโมฆะ นับเป็นเหตุการณ์หนึ่งที่เป็นผลให้การเคลื่อนไหวต่อต้านนายกรัฐมนตรีรุนแรงมากขึ้น ระหว่างเดือนมิถุนายน 2549 กิจกรรมต่อต้านนายกรัฐมนตรีเบาบางลงชั่วคราว เนื่องจากเป็นช่วงเดือนที่มีกิจกรรมเฉลิมพระเกียรติฉลองสิริราชสมบัติครบ 60 ปี และในเดือนกรกฎาคม จึงมีการชุมนุม อภิปราย และสัมมนาขนาดย่อย ๆ อีกหลายครั้งโดยองค์การและสถาบันบางส่วนต่าง ๆ นายสนธิและนางสาวสโรชาได้กลับมาจัดการชุมนุมที่สวนลุมในอีกรูปแบบหนึ่งเรียกว่าเมืองไทยรายสัปดาห์สัญจร "คอนเสิร์ตการเมือง" ในระหว่างนั้นมีคดีที่นายถาวร เสนเนียม รองเลขาธิการพรรคประชาธิปัตย์ เป็นโจทก์ยื่นฟ้องคณะกรรมการการเลือกตั้ง ในความผิดต่อตำแหน่งหน้าที่ราชการ ความผิดต่อพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยคณะกรรมการการเลือกตั้ง ความผิดต่อพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรและสมาชิกวุฒิสภา อันนำมาซึ่งคำพิพากษาให้คณะกรรมการการเลือกตั้งต้องโทษจำคุก และออกจากตำแหน่งไปเมื่อวันที่ 25 กรกฎาคม[36] จนมีการสรรหาคณะกรรมการการเลือกตั้งใหม่ และคาดว่าจะมีการเลือกตั้งใหม่ได้ในวันที่ 15 ตุลาคม 2549

ในวันที่ 29 พฤษภาคม 2549 วิรัช ชินวินิจกุล เลขานุการศาลฎีกา ให้สัมภาษณ์ตอนหนึ่งว่า เราต้องการให้ กกต.ทบทวนตัวเองอีกครั้ง[37]ก่อนการประชุมใหญ่ศาลฎีกาในวันที่ 31 พฤษภาคม 2549

ในวันที่ 25 กรกฎาคม 2549[38]ระหว่างที่ศาลได้มีคำตัดสินในกรณีคณะกรรมการการเลือกตั้งนั้นได้มีกลุ่มผู้สนับสนุนการเลือกตั้งหลายกลุ่มได้มาชุมนุมให้กำลังใจ จนเกิดกระทบกระทั่งกันกับกลุ่มฝ่ายตรงข้าม[39] และต่อมาศาลได้มีคำพิพากษาให้ผู้ที่เป็นเหตุให้เกิดความวุ่นวายรับโทษในกรณีหมิ่นศาล ผู้ดำเนินรายการสถานีวิทยุและเว็บไซต์ที่มีการวิพากษ์วิจารณ์คำสั่งศาลได้ปิดตัวลง

ในวันเสาร์ที่ 19 สิงหาคม ระหว่างที่ พ.ต.ท.ทักษิณ เดินทางไปเปิดงานในฐานะประธานเปิดตัวหนังสือและซีดีที่ระลึก นิทรรศการเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในโอกาสการจัดงานฉลองสิริราชสมบัติครบ 60 ปีที่ห้างสรรพสินค้าสยามพารากอน ได้มีเสียงประชาชนกลุ่มเล็ก ๆ จำนวนประมาณ 20 - 30 คน ได้ตะโกนเสียงดังขึ้นมาว่า "นายกฯ....คนเลว...ออกไป" จนในที่สุดเกิดเหตุการณ์ชุลมุนจากทั้งกลุ่มสนับสนุนและต่อต้านนายกรัฐมนตรี เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยทำร้ายร่างกายผู้ตะโกน 2 ราย[40], [41]

หลังจากเหตุการณ์ที่สยามพารากอน ในวันอาทิตย์ที่ 20 สิงหาคม 2549 ได้มีการประชุมต่อเนื่องจากเหตุการณ์ทำร้ายกลุ่มผู้ต่อต้าน โดย ดร. สังศิต พิริยะรังสรรค์ แกนนำเครือข่ายประชาสังคม หยุดระบอบทักษิณ ร่วมกับสมาชิกเครือข่ายจำนวนหนึ่ง ได้จัดแถลงข่าว ที่อาคารสำนักวิทยบริการ ชั้น 8 มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม และได้ให้ประชาชน 6 คน ที่ถูกกลุ่มสนับสนุนนายกรัฐมนตรีทำร้าย ขณะเกิดเหตุการเปิดงานเมื่อวันที่ 19 สิงหาคม ที่ห้างสรรพสินค้าสยามพารากอนมาแสดงตัว ขณะที่ประชุม ที่ลานข้างล่างหน้าอาคารได้มีกลุ่มผู้สนับสนับสนุนนายกรัฐมนตรีใช้ชื่อว่ากลุ่มตัวแทนองค์กรประชาชนรักความสงบ ราว 50-60 คนที่สนับสนุน พ.ต.ท.ทักษิณ ยืนถือป้ายผ้าและโปสเตอร์ด้วยความสงบเพื่อต่อต้าน ดร.สังศิต พิริยะรังสรรค์ และมีการปะทะคารมกัน[42]

เหตุการณ์ยังคงไม่คลี่คลาย มาจนถึงวันที่ 21 สิงหาคม ได้เกิดเหตุในลักษณะเดียวกันอีกครั้ง ทั้งที่มีการวางกำลังตำรวจทั้งในและนอกเครื่องแบบอารักขานายกรัฐมนตรี ขณะไปเปิดงานอุทยานเรียนรู้ - ดิจิตอล ทีเคปาร์ค ที่ชั้น 8 เซ็นทรัลเวิลด์ เพราะเกรงว่าอาจถูกลอบสังหารตามที่ทางรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยได้รายงานมาก่อนหน้า หรือเกรงจะเกิดการปะทะซ้ำรอยเหตุการณ์ที่สยามพารากอน โดยได้มีการปะทะคารมกันของฝ่ายผู้สนับสนุนนายกรัฐมนตรีและฝ่ายต่อต้าน จนเป็นเหตุให้เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยและชายฉกรรจ์ในชุดสีเข้มไม่ทราบสังกัดทำร้ายร่างกาย เป็นชนวนให้เกิดการปะทะกันรุนแรงขึ้น ผลคือมีการบาดเจ็บกันหลายคน ทราบชื่อได้แก่ น.ส.วศุพร บุญมี นาย อิทธิพล สรวิษศกุล และนาย ขวัญชัย จุ้ยมณี[43] ทั้งกลุ่มผู้ที่ต่อต้านนายกรัฐมนตรีและกลุ่มที่สนับสนุน บางส่วนของผู้ต่อต้านนายกฯ ถูกดำเนินคดีในข้อหารบกวนความสงบเนื่องจากเป็นต้นเหตุการก่อให้เกิดเสียงเอะอะรำคาญ[44] เหตุการณ์ทั้งสองถูกประณามว่านายกรัฐมนตรีและฝ่ายต่อต้านนายกรัฐมนตรีน่าจะต้องมีส่วนรับผิดชอบร่วมกันทั้งสองฝ่ายเพราะเป็นเหตุให้เกิดการทะเลาะวิวาท แต่ทั้งสองฝ่ายก็ไม่ได้แสดงความรับผิดชอบแต่อย่างใด[45]

นอกจากการเคลื่อนไหวของกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย นำโดยนายสนธิ ลิ้มทองกุล แล้ว ยังมีเหตุการณ์ต่อต้านนายทักษิณโดยกลุ่มต่าง ๆ อย่างต่อเนื่อง ในหลายพื้นที่ รวมทั้งการรวมตัวครั้งใหญ่ เมื่อวันเสาร์ที่ 2 กันยายน 2549 ที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้มีกลุ่มที่ใช้ชื่อว่าเครือข่ายแพทย์ เภสัช พยาบาล อาจารย์มหาวิทยาลัย 43 องค์กร 11 มหาวิทยาลัย ซึ่งเป็นกลุ่มคนบางส่วนของหน่วยงานที่อ้างเหล่านั้น ทำการล่าชื่อ ปลุกกระแส ต้าน"ทักษิณ" ออกแถลงการณ์ให้ยุติบทบาทนายกรัฐมนตรีในทันที มีการเสวนาโต๊ะกลมเรื่องการร่วมกันแก้ไขวิกฤตปัญหาของบ้านเมือง เน้นการต่อต้านทักษิณตามแนวทางอหิงสาด้วยกิจกรรมต่าง ๆ รวมทั้งการถวายสัตย์ปฏิญญาในฐานะข้าราชการต่อพระบรมรูป 2 รัชกาลที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

การประท้วงขับทักษิณ ชินวัตร สิ้นสุดลง ในวันอังคารที่ 19 กันยายน 2549 หลังรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 ก่อนจะมีการชุมนุมอย่างยืดเยื้อของกลุ่มพันธมิตรฯและเครือข่าย โดยนายสนธิ ลิ้มทองกุล ประกาศยุติการชุมนุมทันที ทั้งที่ได้มีการนัดหมายกันในวันพุธที่ 20 กันยายน 2549 เวลา 15.00 น. ที่บริเวณลานพระรูป เนื่องจากมีการทำรัฐประหารเป็นที่เรียบร้อยแล้วและอาจจะเป็นการไม่ปลอดภัย